Un esempio di cui è richiesto un albero binario è partizioni spaziali binari in computer grafica
http://en.wikipedia.org/wiki/Binary_space_partitioning
Un albero binario è necessaria perché l'algoritmo richiede la conservazione dei rapporti tra i nodi dell'albero binario. Ci sono molti altri algoritmi in cui la struttura dell'albero è importante, e così una tabella hash non è una struttura adeguata.
Un altro buon motivo per l'utilizzo di un albero binario invece di una tabella di hash è quando non si può facilmente generare un hash efficiente per gli elementi dei dati, ma è possibile generare una funzione di confronto.
Spesso per semplice memorizzare e recuperare dati una tabella hash è più ottimale, ma più complesso da implementare.