Errore quando si utilizza commandArgs () per passare argomenti allo script R

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Felice lunedi!

Sto cercando di ottenere il mio script per leggere in un file CSV data da linea di comando, ma io continuo a ricevere questo errore:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Questo è il mio codice:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$Tree.Height.m <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = ../Results/,filename,_treeheights.csv, row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Si suppone che leggere a distanza e dei dati di grado di elaborare l'altezza degli alberi, aggiungere altezza alla dataframe e output in un nuovo file. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato, grazie! : D

È pubblicato 02/12/2019 alle 23:58
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Errore quando si utilizza commandArgs () per passare argomenti allo script R

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Felice lunedi!

Sto cercando di ottenere il mio script per leggere in un file CSV data da linea di comando, ma io continuo a ricevere questo errore:

Amys-MBP:Code amy$ Rscript get_TreeHeight.R trees.csv
Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : 
  invalid multibyte string at '<cf><fa><ed><fe><07>'
Calls: read.csv -> read.table -> make.names
In addition: Warning messages:
1: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls
2: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 2 appears to contain embedded nulls
3: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 3 appears to contain embedded nulls
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  incomplete final line found by readTableHeader on '/usr/local/Cellar/r/3.6.1_1/lib/R/bin/exec/R'
Execution halted

Questo è il mio codice:

args = commandArgs(trailingOnly=FALSE)

MyTrees <- read.csv(args[1], header=TRUE)

TreeDistance <- MyTrees[[2]]

TreeDegrees <- MyTrees[[3]]

TreeHeight <- function(degrees, distance){ 
  radians <- degrees * pi / 180 
  height <- distance * tan(radians) 
  print(paste(height))
}

Tree.Height <- TreeHeight(TreeDegrees, TreeDistance)

MyTrees$"Tree.Height.m" <- Tree.Height

filename <- tools::file_path_sans_ext(args[1])

write.table(paste0(MyTrees, file = "../Results/",filename,"_treeheights.csv", row.names=FALSE, col.names=TRUE))

Si suppone che leggere a distanza e dei dati di grado di elaborare l'altezza degli alberi, aggiungere altezza alla dataframe e output in un nuovo file. Qualsiasi aiuto sarebbe molto apprezzato, grazie! : D

Risposto il 02/12/2019 a 23:58
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