Sì. Facebook supporta applicazioni desktop, ma deve passare attraverso un meccanismo di autenticazione speciale. In sostanza, l'utente avrà bisogno di essere diretto con i tuoi amici attraverso una finestra del browser web come parte del processo di autenticazione.
Ecco la documentazione sul processo di autenticazione: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
V'è una libreria Java relativamente lucido per facebook qui: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Se la libreria Java di cui sopra non soddisfa le proprie esigenze, è possibile costruire un'implementazione sul proprio. In sostanza, è necessario interagire con il server di Facebook resto, come descritto nella parte alta della pagina qui: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Dopo aver fatto un po 'di ricerche ho un paio di risorse per fornire: Ecco un elenco di alcune applicazioni scritte utilizzando Java per facebook:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
E c'è anche un'applicazione desktop pulito che è open source qui:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
In bocca al lupo!